所谓的瑜伽士，简单地说是指多年隐居闭关密修，做自我身心转化修持，藉此令身心得以自在的出家或在家修行者。

在秘密部中，事部以持诵真言、结坛、供养等事相为主；行部因为事相、观想并重；瑜伽部以五相成身观法为主；无上瑜伽部以修中脉、风息、明点为特点。其中父部重修风息，名曰命瑜伽；母部重修明点，名曰勤瑜伽；无二部重修双运。三者只就偏重而言，并非截然有别。无上部的理论认为中脉（近似道教的督脉）中有21 个结，利用修风息、明点之力可以打开这些结。每打开二结好上升一地，逐渐引发无量神通、智慧，最后打开顶上一结即圆证三身五智而成佛果修如上次第相应成就者可称为瑜伽士。

《瑜伽经．威力》中列举了瑜伽行者得三摩地后所得各种超人能力（神通),在证最后果位之前也可先得超人威力，即六种神通（天眼通、天耳通、神足通、他心通、宿命通、漏尽通）。其中前五通与婆罗门教瑜伽派等相似，漏尽通为佛教所独有。此中神足通（神境通）又分能变通、能化通两种。能变通有十八变，即振动、炽然、流布等；能化通有三化，即化为身，化为境，化为语。龙树所作《方便心论》，列举“瑜伽外道”有能小、为大、轻举、远到、随所欲、分身、尊胜、隐没等 “八自在”。又在《大智度论》中列举佛教有能小、能大、能轻、能自在、能自主、能无至（此又有飞行远至、此没彼出、移远为近不往而到、于一念中遍到十方等 4种）、能动（6种或18种震动）、随意等“八神变”。