“宗教直航”是在两岸未能实现直航的情况下，台湾当局特许的一种比照“小三通”方式的台湾宗教界人士经金门到福建湄州进香的“特殊直航”。

2001年1月2日上午7:30，载有五百多名马祖进香客的“台马轮”徐徐驶出马祖福澳港，经四个小时航程，于11:30平安抵达福州马尾港，完成两岸分隔五十二年来首次“宗教直航”之旅的首站行程。

此后，“宗教直航”的活动一直没有间断，既促进了两岸宗教文化艺术的交流，又为两岸民众的感情沟通、商贸往来提供了便利。