自流井起源于什么时候？长期以来众说纷纭，没有定论。在两百多种涉及四川井盐生产的史籍和盐史专著中，都没有明确记载。

在自贡富顺才子明朝西蜀四大家熊过先生的《南沙文集》卷四里载有《答李令论税粮驿传盐荚册籍四事书》一文，文章对当时富顺地区的盐业生产、征榷政策以及盐务管理等，都有比较详细的记述。其中有这样一段话："富义、邓井，久在坍塌。其新开自流等井，课程自可兑补原额。无井灶丁，自可经免虚赔"。它为自流井的开发背景和开凿时间提供了可靠的文字依据。写作时间在嘉靖三十年到三十三年，也就是公元1551年到1553年。

而在这以前的各种著述中都没有自流井这个名称，也没有新凿自流井的记载。在这以后的史籍中，最早用自流井这个名称的是清朝康熙十九年（1680）富顺知县钱绍隆写的《详情禁兵害文》。乾隆以后的史书就把自流井称为古井了，而且仅仅记载因为崖崩岸塞，井早就塌废了。

这样，自流井起源问题就明确了：嘉靖十八年到三十三年（1539到1554），由于旧井废弃，因而在富顺县以西九十里的荣溪水滨开凿了以自流井为代表的一批盐井，开辟了新的井盐产地；以后又在郭家坳、土地坡、扇子坝、凉高山等地凿成了大量的卤井和气井，使自贡地区成了四川井盐生产的中心。自流井这个名称不仅仅是一批新盐井的代称，也成了这个地区的名称。