岛屿理论（island theory）通常是指物种的数目与面积之间的关系的理论。该理论认为由于新物种的迁入和原来占据岛屿的物种的灭绝物种的组成随时间不断变化，当物种的迁入率和灭绝率相等时岛屿物种的数目趋于达到动态的平衡。

该理论已经成为自然保护区设计的重要依据之一。

在相同的面积下，建立一个大保护区还是若干个小保护区好？大面积保护区能供养的物种也多，小面积则能供养的物种少。建立保护区就会出现边缘效应（交叉效应），建立若干个小保护区就会出现更多的边缘效应。况且对于某些种类来说，小保护区可能比大保护区更好。

因此,自然保护区建设要取决于下列情况：

①若每一小保护区的物种均相同，则应建立大保护区。

②小保护区可以防治传播疾病。

③在异质的空间里建立保护区，小保护区可以提高空间的异质性，有利于生物的多样性。

④对于大型动物，需大保护区。