为充分利用和整合重庆医科大学资源，提高学校综合办学实力，经学校研究并报请重庆市卫生局批准，2004年12月30日，重庆医科大学与重庆南丁医院投资管理有限公司联合签署“关于联合建立重庆医科大学附属第三医院的合作协议”。

医院选址重庆市渝北区凯歌路，重庆南丁医院投资管理有限公司按照现代化医院的标准进行医院硬件建设，重庆医科大学抽调部分管理人员以“专家顾问组”形式直接参与医院筹建，形成一所具有独立法人资格、自主经营、自负盈亏的重庆首家由民营资本投入、医科大学管理的非营利性，集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的现代化大型综合性医院。

医院总投资7.5亿元，占地面积200亩，建筑面积近15万平方米，编制床位1350张，可扩展至2000张。设计有层流手术室20间、中心监护室病床40张。拥有500辆车位的大型室内、外停车场。医院由门诊大楼、住院大楼及连接体三栋建筑有机构成，相互间以连廊交通；共设电梯25台，自动扶梯2台。2007年建成并投入运行。

医院内部采用宾馆式设计，设有超市、网吧、咖啡馆、临时托儿所等人性化设施，就医环境基本与国际接轨。医院共设21个临床科室。主要科室包括内科（大内科及内专）、外科（大外科及外专）、妇产科、急救部、体检中心、皮肤及美容整形科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、生殖医学中心、检验中心、影像中心、内镜中心等。

医院力争建设成为重庆市北部城区的一所大型综合性教学医院，切实解决北部城区及周边地区老百姓看病贵、看病难问题。