1941年，国民党政府任命梁颖文(曾任蒋介石秘书)为重大校长，遭到重大师生强烈反对，并在其上任之日（1941年9月1日）将其挡在校门之外，展开了一场轰轰烈烈的护校运动。1941年9月4日，国民党教育部为此下令解散重大。9月6日，《解放日报》、《新华日报》报道了解散重庆大学的消息，并揭露和抨击了蒋介石集团压制学生意见，逮捕学生的暴行。各界人士群众声援重大学生的斗争，梁颖文于9月30日被迫辞职。10月12日，重大举行校友会，庆祝母校复校成功。学生的正义斗争，由于社会的广泛同情，取得了胜利。全校师生竭力抗争，同时受到共产党和社会各界人士的大力支援，重大最终免遭厄运。

包容和宽厚从此成为重大精神的重要内容，而重大精神的另一方面，则是不为权势所动，捍卫思想和学术自由。在1941年的“护校运动”中，重大学子就已经表现出了可贵的独立精神。