19世纪中期到20世纪初期反对达尔文的另一个意识形态。终因论认为生物界具有走向“更加完美”倾向。接受终因论的人认为，进化实质上就是从低等走向高等，从原始走向高级，从简单走向复杂，从不完美走向完美。他们提出存在着某些内在的力量，因为，他们说，否则怎么解释从最低等的细菌逐渐进化出兰花、大树、蝴蝶、猿和人类呢？终因论的信念至少可以追溯到亚里士多德，他认为终因是若干原因中的一个，实际上是最后的原因。1859年后的很多年，很大一部分进化论者仍然接受终因论，但是达尔文除外。达尔文坚决反对这种含糊力量的存在。相反，他完全接受了牛顿的信条：这个世界中的万物都受着纯粹机械（物理-化学）力的控制。不过达尔文还将历史的视角引入了科学，而牛顿的解释框架中则没有历史的考量。在诠释进化现象时，必须要考虑历史因素。

本质论和终因论等意识形态妨碍了人们立刻接受达尔文所提出的进化和怎样和为什么会发生的解释。《物种起源》发表后的80年间里，达尔文的变异进化理论一直与其他三个尝试解释进化的理论进行着斗争。