中国和日本之间首次渔业协议是始于1955年两国渔业协会缔结的民间渔业协议。之后，两国按照中日共同声明第9条，于1975 年8 月15 日缔结了政府之间首部渔业协定。虽政府之间渔业协议可视为继承民间渔业协议，但两者之间有重要的差别。即按照政府之间协议，两国为在协议水域内养护和合理利用海洋资源采取必要的措施，若有违反协议者，由旗国行使其管辖权，且另设定渔业联合委员会。1975 年的渔业协定主要目的在于规范日本渔船活动。《海洋法公约》于1994年11月生效后，中、日两国政府也先后提交了《公约》批准书，成为该公约的缔约国，实施专属经济区制度。为此，中日两国政府从1995年起，根据《公约》的规定，就重新签订渔业协定进行会谈。1997年11月中日两国政府重签了渔业协定，于2000年6月1日生效，有效期为5年。由于中日之间在东海海域的专属经济区界限尚末划定，现协定中的有关规定尚属过渡性质。
1997 年 11 月 11 日签订，2000 年 6 月 1 日正式生效。
协定规定第一条规定：本协定的适用水域（以下称“协定水域”）为中华人民共和国的专属经济区和日本国的专属经济区。
协定涉及五种不同性质的水域，即：
(1)30°40’N线以北（两国领海外）的东、黄海海域；
(2)“暂定措施水域”；
(3)“暂定措施水域”东、西各侧外的中、日两国的专属经济区；
(4)27°N线以南的东海水域、以及东海以南的125°30’E线以西的水域；
(5)日本海和北太平洋一侧的日本专属经济区水域。
缔约各方考虑到本国专属经济区资源状况、本国捕捞能力、传统渔业活动、相互入渔状况及其他相关因素，每年决定在本国专属经济区的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额、作业区域及其他作业条件。该决定应尊重渔业协定 第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的协商结果。
根据2001年12月18日在北京召开的第三届中日渔业联合委员会商定的中日渔业协定暂定措施水域资源管理措施主要是：
1）在该水域内作业渔船数控制在不超过1996年水平。
2）中日双方在每年7月底前将该水域前一年的渔获量按主要作业方式、主要鱼种分别统计通报对方。
3）中日双方在每年7月底前交换该水域许可作业渔船船名簿。
暂定措施水域是双方临时时性的共同渔业水域。因为根据协定第十二条的规定：“本协定各项规定不得认为有损缔约双方各自关于海洋法诸问题的立场。”
渔业协定第七条规定：
一、下列各点顺次用直线连结而围成的水域（以下称“暂定措施水域”）适用本条第二款及第三款的规定。
1、北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
2、北纬三十度、东经一百二十三度五十六点四分之点
3、北纬二十九度、东经一百二十三度二十五点五分之点
4、北纬二十八度、东经一百二十二度四十七点九分之点
5、北纬二十七度、东经一百二十一度五十七点四分之点
6、北纬二十七度、东经一百二十五度五十八点三分之点
7、北纬二十八度、东经一百二十七度十五点一分之点
8、北纬二十九度、东经一百二十八度零点九分之点
9、北纬三十度、东经一百二十八度三十二点二分之点
10、北纬三十度四十分、东经一百二十八度二十六点一分之点
11、北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
二、缔约双方根据第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的决定，在暂定措施水域中，考虑到对缔约各方传统渔业活动的影响，为确保海洋生物资源的维持不受过度开发的危害，采取适当的养护措施及量的管理措施。
三、缔约各方应对在暂定措施水域从事渔业活动的本国国民及渔船采取管理及其他必要措施。缔约各方在该水域中，不对从事渔业活动的缔约另一方国民及渔船采取管理和其他措施。缔约一方发现缔约另一方国民及渔船违反第十一条规定设置的中日渔业联合委员会决定的作业限制时，可就事实提醒该国民及渔船注意，并将事实及有关情况通报缔约另一方。缔约另一方应在尊重该方的通报并采取必要措施后将结果通报该方。
缔约双方为实现本协定的目的，设立中日渔业联合委员会（以下称“渔委会”），渔委会由缔约双方政府各自任命的两名委员组成。
渔委会的任务如下：
（一）协商与第三条规定有关的事项、与第六条第2项所指水域有关的事项，并向缔约双方政府提出建议。协商事项包括如下内容：
1、第三条规定的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额及其他具体作业条件的事项；
2、有关维持作业秩序的事项；
3、有关海洋生物资源状况和养护的事项；
4、有关两国间渔业合作的事项。
（二）协商和决定与第七条规定有关的事项；
（三）根据需要，就本协定附件的修改向缔约双方政府提出建议；
（四）研究本协定的执行情况及其他有关本协定的事项。
三、渔委会的一切建议和决定须经双方委员一致同意方能实施。
四、缔约双方政府应尊重本条第二款第（一）项的建议，并按照本条第二款第（二）项的决定采取必要措施。
五、渔委会每年召开一次会议，在中华人民共和国和日本国轮流举行。根据需要，经缔约双方同意可召开临时会议。
中华人民共和国和日本国渔业协定
中华人民共和国政府和日本国政府，忆及一九七二年九月二十九日发表的《中华人民共和国政府和日本国政府联合声明》，考虑到包括一九七五年八月十五日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》在内的渔业领域的传统合作关系，为按照制订于一九八二年十二月十日的《联合国海洋法公约》的宗旨建立两国间新的渔业秩序，养护和合理利用共同关心的海洋生物资源，维护海上正常作业秩序，经友好协商，达成协议如下：
第一条
本协定的适用水域（以下称“协定水域”）为中华人民共和国的专属经济区和日本国的专属经济区。
第二条
一、缔约各方根据互惠原则，按照本协定及本国有关法令，准许缔约另一方的国民及渔船在本国专属经济区从事渔业活动。
二、缔约各方的授权机关，按照本协定附件一的规定，向缔约另一方的国民及渔船颁发有关入渔的许可证，并可就颁发许可证收取适当费用。
三、缔约各方的国民及渔船在缔约另一方专属经济区按照本协定及缔约另一方的有关法令从事渔业活动。
第三条 缔约各方考虑到本国专属经济区资源状况、本国捕捞能力、传统渔业活动、相互入渔状况及其他相关因素，每年决定在本国专属经济区的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额、作业区域及其他作业条件。该决定应尊重第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的协商结果。
第四条
一、缔约各方应采取必要措施，确保本国国民及渔船在缔约另一方专属经济区从事渔业活动时，遵守本协定的规定以及缔约另一方有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件。
二、缔约各方应及时向缔约另一方通报本国有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件。
第五条
一、缔约各方为确保缔约另一方的国民及渔船遵守本国有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件，可根据国际法在本国专属经济区采取必要措施。
二、被逮捕或扣留的渔船及其船员，在提出适当的保证书或其他担保之后，应迅速获得释放。
三、缔约各方的授权机关，在逮捕或扣留缔约另一方的渔船及其船员时，应通过适当途径，将所采取的行动及随后所施加的处罚，迅速通知缔约另一方。
第六条
第二条至前条的规定适用于协定水域中除以下1及2所指水域以外的部分。
1、第七条第一款规定的水域；
2、北纬二十七度以南的东海的协定水域以及东海以南的东经一百二十五度三十分以西的协定水域（南海的中华人民共和国的专属经济区除外）。
第七条
一、下列各点顺次用直线连结而围成的水域（以下称“暂定措施水域”）适用本条第二款及第三款的规定。
1、北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
2、北纬三十度、东经一百二十三度五十六点四分之点
3、北纬二十九度、东经一百二十三度二十五点五分之点
4、北纬二十八度、东经一百二十二度四十七点九分之点
5、北纬二十七度、东经一百二十一度五十七点四分之点
6、北纬二十七度、东经一百二十五度五十八点三分之点
7、北纬二十八度、东经一百二十七度十五点一分之点
8、北纬二十九度、东经一百二十八度零点九分之点
9、北纬三十度、东经一百二十八度三十二点二分之点
10、北纬三十度四十分、东经一百二十八度二十六点一分之点
11、北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
二、缔约双方根据第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的决定，在暂定措施水域中，考虑到对缔约各方传统渔业活动的影响，为确保海洋生物资源的维持不受过度开发的危害，采取适当的养护措施及量的管理措施。
三、缔约各方应对在暂定措施水域从事渔业活动的本国国民及渔船采取管理及其他必要措施。缔约各方在该水域中，不对从事渔业活动的缔约另一方国民及渔船采取管理和其他措施。缔约一方发现缔约另一方国民及渔船违反第十一条规定设置的中日渔业联合委员会决定的作业限制时，可就事实提醒该国民及渔船注意，并将事实及有关情况通报缔约另一方。缔约另一方应在尊重该方的通报并采取必要措施后将结果通报该方。
第八条 缔约各方为确保航行和作业安全，维护海上正常作业秩序并顺利及时处理海上事故，应对本国国民及渔船采取指导及其他必要措施。
第九条
一、缔约一方的国民及渔船在缔约另一方沿岸遭遇海难或其他紧急事态时，缔约另一方应尽力予以救助和保护，同时迅速将有关情况通报对方的有关部门。
二、缔约一方的国民及渔船，由于天气恶劣或其他紧急事态需要避难时，可按本协定附件二的规定，经与缔约另一方有关部门联系后，到缔约另一方港口等避难。该国民及渔船应遵守缔约另一方的有关法令，并服从有关部门的指挥。
第十条 缔约双方为渔业科学研究和海洋生物资源的养护而进行合作。
第十一条
一、缔约双方为实现本协定的目的，设立中日渔业联合委员会（以下称“渔委会”），渔委会由缔约双方政府各自任命的两名委员组成。
二、渔委会的任务如下：
（一）协商与第三条规定有关的事项、与第六条第2项所指水域有关的事项，并向缔约双方政府提出建议。协商事项包括如下内容：
1、第三条规定的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额及其他具体作业条件的事项；
2、有关维持作业秩序的事项；
3、有关海洋生物资源状况和养护的事项；
4、有关两国间渔业合作的事项。
（二）协商和决定与第七条规定有关的事项；
（三）根据需要，就本协定附件的修改向缔约双方政府提出建议；
（四）研究本协定的执行情况及其他有关本协定的事项。
三、渔委会的一切建议和决定须经双方委员一致同意方能实施。
四、缔约双方政府应尊重本条第二款第（一）项的建议，并按照本条第二款第（二）项的决定采取必要措施。
五、渔委会每年召开一次会议，在中华人民共和国和日本国轮流举行。根据需要，经缔约双方同意可召开临时会议。
第十二条 本协定各项规定不得认为有损缔约双方各自关于海洋法诸问题的立场。
第十三条
一、本协定的附件（包括根据本条第二款规定修改后的附件），为本协定不可分割的组成部分。
二、缔约双方政府可以书面协议修改本协定的附件。
第十四条
一、本协定经缔约双方履行为生效所必要的各自国内法律手续后，自两国政府通过换文达成协议之日起生效。本协定有效期为五年，之后有效至根据本条第二款的规定终止为止。
二、缔约任何一方，在最初五年期满时或在其后，可提前六个月以书面形式通知缔约另一方，随时终止本协定。
三、一九七五年八月十五日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》自本协定生效之日起失效。
本协定于一九九七年十一月十一日在东京签订，一式两份，每份都用中文和日文写成，两种文本同等作准。
中华人民共和国政府代表 日本国政府代表
徐敦信 小渊惠三
附件一：
缔约各方根据本协定第二条第二款的规定，采取以下许可措施：
一、缔约各方的授权机关在接到缔约另一方授权机关发来的有关本协定第三条规定决定的书面通报后，向缔约另一方的授权机关申请发给在缔约另一方专属经济区从事渔业活动的本国国民及渔船许可证。缔约另一方的授权机关按照本协定及本国的有关法令颁发许可证。
二、缔约各方的授权机关应以书面形式向缔约另一方的授权机关通报有关入渔的手续规定（包括许可证的申请和颁发、捕鱼数据的提供、渔船标识及捕捞日志的填写等手续规定）。
三、获得许可的渔船应将许可证置于驾驶舱明显之处，并明确显示缔约另一方规定的渔船标识。
附件二：
按以下规定实施本协定第九条第二款的规定：
一、中华人民共和国政府指定的联络部门为管辖有关港口的港务监督部门。日本国政府指定的联络部门为管辖避难港口等的海上保安厅的各管区海上保安本部。
二、具体联系方法在本协定第十一条规定设置的中日渔业联合委员会上相互通报。
三、缔约各方的渔船与缔约另一方指定的联络部门进行联系的内容有：船名、呼号、当时船位（纬度、经度）、船籍港、总吨位和全长、船长姓名、船员数、避难理由、请求避难的目的地、预计到达时间、通讯联络方法。
协议议事录
中华人民共和国政府代表及日本国政府代表就本日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》（以下称“协定”）有关条款，同意记录下列事项：
一、两国政府表示将继续坦诚进行两国关于专属经济区和大陆架划界的磋商，并努力达成双方都能接受的协议。此外，两国政府表示协定第七条第一款规定的暂定措施水域的设定，不得认为有损两国有关专属经济区和大陆架划界的各自立场。
二、两国政府表示，鉴于两国传统和合作的渔业关系，在实施协定和与第三国建立渔业关系时，双方在协定第七条第一款规定的水域北限线以北的东海部分水域，尊重现有的渔业活动，考虑缔约另一方传统作业及该水域的资源状况，不使缔约另一方在该水域的渔业利益受到不正当的损害。
中华人民共和国政府代表 日本国政府代表
徐敦信 小渊惠三
一九九七年十一月十一日于东京
日本国外务大臣小渊惠三阁下：
我荣幸地提及本日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》，并谨阐述中华人民共和国政府意向如下：
以中日两国为确保本协定第六条第2项所指水域的海洋生物资源的维持不受过度开发的危害而进行合作为前提，在该水域不将本国有关渔业的法令适用于日本国民。
顺致敬意。
中华人民共和国驻日本国特命全权大使 徐敦信
一九九七年十一月十一日于东京
（译文）
中华人民共和国驻日本国特命全权大使徐敦信阁下：
本大臣荣幸地提及本日签订的《日本国和中华人民共和国渔业协定》，并谨阐述日本国政府意向如下：
以日中两国为确保本协定第六条第2项所指水域的海洋生物资源的维持不受过度开发的危害而进行合作为前提，在该水域不将本国有关渔业的法令适用于中国国民。
顺致敬意。
日本国外务大臣 小渊惠三
一九九七年十一月十一日于东京
（译文）
中华人民共和国驻日本国特命全权大使徐敦信阁下：
本大臣荣幸地提及本日签订的《日本国和中华人民共和国渔业协定》，并谨阐述如下：
一、根据本协定第三条规定，中华人民共和国政府要求本协定生效后五年内，中国鱿鱼钓渔船应可在日本海及北太平洋日本国专属经济区内进行作业，免交入渔费，作业船数及渔获量不应超过一九九六年的实际数量。
二、本大臣对此意向如下：日本国政府注意到并原则接受中方的要求，将根据该水域的渔业资源状况，由本协定第十一条规定设置的日中渔业联合委员会协商确定具体实施办法。
顺致敬意。
日本国外务大臣 小渊惠三
一九九七年十一月十一日于东京
2008年 1月17日，第9次中日渔业联合委员会正式会议在上海召开。参加会议的中方人员有农业部渔业局局长李健华、外交部亚洲司副处长杨宇以及渔业局相关人员，日方人员有水产厅次长中前明、外务省亚洲大洋洲局参事官小原雅博以及水产厅、外务省相关人员。会议主要就2008年渔期（1月1日至12月31日）在对方水域内进行作业的条件等进行了磋商。
18日，水产厅公布了中日渔业联合委员会会议结果，2008年日本与中国渔船在对方排他性经济水域（EEZ）内渔获分配额与许可渔船数均比去年减少。
两国渔获分配额均为1万2141吨（比去年减少256吨），许可渔船艘数为508艘（比去年减少62艘）。这是三年来首次削减日本渔船数量。
作为暂定措施水域管理措施，根据近年渔获数量，决定将2008年中国渔船渔获上限制定为179万5346吨（比去年减少34万654吨），比去年减少了16%。日本渔船2008年渔获上限为10万9250吨，与去年相同。
附1：日中渔业协议结果
根据1月17日召开的中日渔业联合委员会，中日双方在2008年作业条件等问题上就以下内容达成一致意见。
（1）日本排他性经济水域内中国渔船的作业条件
拖网渔船450艘（比去年减少62艘），渔获分配额8000吨（比去年减少256吨）。
鱿鱼钓渔船55艘（与去年相同）、搬运船3艘（与去年相同），渔获分配额4141吨（与去年相同）。
（2）中国排他性经济水域内日本渔船作业条件
卷网渔船161艘（比去年减少20艘），渔获分配额10524吨（比去年减少215吨）。
拖网渔船37艘（比去年减少5艘），渔获分配额764吨（比去年减少16吨）。
延绳、曳绳、钓鱼渔船310艘（比去年减少37艘），渔获分配额853吨（比去年减少25吨）。
（3）暂定措施水域的资源管理措施
①2008年暂定措施水域内作业的中国渔船控制在18800艘以内（比2007年减少122艘），日本渔船800艘以内（与去年相同）。
②2008年暂定措施水域内作业的中国渔船渔获量上限179万5346吨（比2007年减少34万654吨），日本渔船的渔获量上限为10万9250吨（与去年相同）。
③中国方面将进一步研究中国卷网渔业的管理措施。
④日本方面将进一步加强向中方提供中国渔船作业情况等相关情报的力度，不断强化资源管理措施。
（4）中间水域的资源管理措施
两国应互相报告资源管理措施所需资料，为达到此目的，双方将继续进行相关准备和交流，并进一步进行研究、磋商。
（5）其他
①为对东海资源进行有效管理，中日两国必须进一步加强合作，争取早日召开两国相关负责人磋商。
②会议肯定了两国在大型水母合作研究上取得的成果，并决定进一步加强合作。