中国中铁二院深圳分院创建于1987年。上世纪八十年代末，铁二院把握时代潮流，率先在东部沿海及经济特区设立一批经营分院，深圳分院就是其中之一。经过二十多年的变迁发展，由最初的2人发展到现在的10人（含聘用人员）。分院位于深圳市以科教旅游为特色的南山区中心地区（瑞铧苑大厦），位置优越，交通便利。

深圳分院作为经营分院，是集团公司在深圳特区的前沿窗口,努力推进经营开发工作。在致力开发新项目的同时，还注重在建项目的服务、协调及配合工作。积极配合集团公司各生产单位及各项目部在深开展的生产工作。深圳分院同时也做好后勤服务工作，为集团公司在深人员解决工作生活上的需要。分院也注重加强内部管理，根据集团公司和计经部制订的《经营管理办法》，并结合深圳特区实际，制定各岗位责任制。在工作实际中落实科学发展观，为集团公司的可持续发展贡献力量。