中国医学科学院输血研究所创建于1957年，其前身是中国人民解放军第十三军医学校（后改变为中国人民解放军259医院），1958年划归卫生部管理，更名中国医学科学院输血及血液学研究所，1965年从其前身是中国医学科学院输血及血液学研究所拆分出来，并由天津迁到四川成都，是我国唯一的国家级输血医学研究机构。

研究所从事输血医学科学研究、输血相关技术研究，为国家培养输血专业人才，为国家输血安全管理、应急医疗体系、输血科学技术发展及全民知识普及等方面提供信息咨询、理论依据和技术支持。出版《中国输血杂志》、《国际输血及血液学杂志》等刊物。设血液免疫研究中心、输血生物医学工程研究中心、血液生化与分子生物学研究中心、输血传染病研究中心，涉及生物化学及分子生物学、病原生物学、免疫学、遗传学、细胞生物学、生物医学工程等多学科。

研究所重点研究方向包括：国家输血安全评价体系建立的基础研究，输血相关疾病的流行病学研究、输血传播病原微生物的检测及其评价，血液制品病毒灭活，HLA与造血干细胞移植相关研究，细胞治疗特别是脐血干细胞的基础与应用研究，红细胞血型研究特别是稀有血型的筛查和稀有血型库的建设，卫生部HLA参比实验室建设，细胞工程产品，基因工程药物，人血浆蛋白制品，红细胞血型血清诊断产品，血栓与止血体外诊断试剂，输血相关疾病快速诊断试剂、输血输液器材等。获国家、省部级科研成果65项，国家专利20余项。

研究所现有在职职工169人，其中，中高级科研人员97人，博士生导师2人，硕士研究生导师6人。现有卫生部批准的HLA参比实验室，中国红十字总会批准的中国干细胞捐献者资料库组织配型实验室、输血系统唯一的艾滋病确证实验室等重点实验室。