土壤是一个国家最重要的自然资源，它是农业发展的物质基础。 中国土壤数据库以自主版权为主的权威性公开出版物,若干由南京土壤所主持研究项目获取的数据以及中国生态系统研究网络陆地生态站部分监测数据为数据来源。中国土壤数据库分为11个子库,包括：

中国土种数据子库 基于全国第二次土壤普查数据的两千多个土种典型剖面和统计剖面调查数据，并建立地点与土壤分类与土种关联关系，可按地点和土壤分类进行查询检索。

中国土壤专题图子库 根据全国土壤普查数据汇总得到64幅1：100万土壤图，建立了1:100万土壤空间数据库，可以检索我国主要土壤类型分布、面积、土壤分类名称和典型剖面。通过建立点面结合与扩展模型，生成5个土壤专题数据集。数据类型为图像型或矢量型数据。

养分循环长期试验数据库 中国科学院从90年代起，以中国生态系统研究网络农业台站为平台，进行农田生态系统养分循环长期试验的联网研究。本数据库收集了该研究的部分成果和数据。

农田土壤环境现状数据库 包含了2005年中国主要农田生态系统土壤环境现状数据，数据覆盖我国东北黑土、棕壤、潮土、风沙土、褐土、水稻土、红壤、黄绵土、黑垆土、紫色土、灰漠土等主要土壤类型。

中国主要农田生态系统土壤养分现状数据子库 近年来主要农田生态系统监测站点的土壤大量元素、中量和微量元素含量现状、土壤颗粒组成和容重数据。

第二次土壤普查农田肥力数据子库 基于第二次土壤普查数据提取的主要性状、土地利用、障碍因子、生产性能和耕层养分数据，可为土壤质量动态演变和科学施肥提供数据依据。

第一次土壤普查农田肥力数据子库 数据来源于农业部土壤普查办公室《中国农业土壤志》（内部资料）。自1958年开始，1964年结束。受到当时条件局限，土壤分类和命名主要依据易被农民群众了解的土壤名称，土壤性状多为文字描述，是了解农田土壤肥力演变过程的珍贵历史资料。

土壤分类数据库 包括中国土壤系统分类和发生分类的土纲、亚纲、土类、亚类以及对应的典型剖面数据。

参比土壤剖面数据库 参照FAO土壤分类和美国土壤系统分类(ST)，选择我国典型土壤类型进行参比。本数据库描述了参比土壤剖面的主要生境、形态和理化性质，供与国际主流土壤分类系统参比使用。

土壤标本数据库 本数据库收集了南京土壤所和CERN若干野外台站的整段标本、生境信息和理化分析数据，对CERN野外台站土壤进行了中国土壤系统分类（CST）分类的划分研究，促进土壤长期监测数据的共享与国际交流。

土壤样品数据库 长期保存的土壤样品是长期生态学研究的宝贵财富.这些样品可以在较长时间尺度记录环境变化信息。土壤样品数据库提供了中国生态系统研究网络相关台站长期采样地可提供共享的土壤样品信息.