中国太平天国史研究会于1990年5月在南京成立，挂靠南京大学。研究会旨在团结全国从事太史研究的学者,开展多种形式的学术活动,进一步开拓和深化对太平天国史的系统研究,实事求是评估太平天国和近代农民运动的历史地位及经验教训,以加深对中国国情的认识。

2008年4月19日，中国太平天国史研究会换届大会在南京召开。来自安徽、上海及江苏的代表40余人出席会议。大会选举了新一届理事会会长、副会长和秘书长、副秘书长。南京大学历史系教授崔之清当选新一届中国太平天国史研究会会长，朱庆葆教授当选该会常务副会长。