1938年10月，中华民族解放行动委员会（农工党前身）中央机关迁来重庆。1946年5月，在中央机关离开重庆前，设立了四川省干部会。1947年2月，更名为中国农工民主党。1947年3月，成立农工党重庆市党部。

1950年3月，成立农工党重庆市临时工作委员会。1951年7月，成立农工党重庆市工作委员会，办公地点迁至韦家院坝14号（今渝中区民生巷16号）。1956年至1992年，先后成立农工党重庆市第一至第七届委员会。1997年4月，组建直辖后第一届委员会。2002年成立第二届委员会。2007年4月，成立第三届委员会。现任主委为陈雅棠。市委机关设组织处、宣传处、办公室、参政议政处、社会服务处等五个职能部门。

目前，全市共有区县委15个、直属基层委员会、总支部和支部委员会各1个，共有基层支部142个。截止2006年底，全市农工党员共有2886人，其中，医卫界1520人，占52.6%；文教界612人，占21.2%；科技界518人，占17.9%；其它界别236人，占8.3%。具有高级和中级职称的党员分别占38.84%和57.55%，党员平均年龄为54.1岁。担任各级领导职务的党员有126人，其中，担任政府实职的厅局级干部5人，市政府部门处级领导职务15人，区县部门领导职务28人；担任高校院校院系领导职务16人；担任各级科研院所、医院行政领导职务40人。担任各级人大代表和政协委员400人，其中，十届全国人大代表1人、二届市人大代表17人（副主任1人、常委2人），十届全国政协委员2人、二届市政协委员51人（常委12人）；担任各级特约人员52人，其中市级6人。