中国林科院新疆分院成立于2005年8月，是经国家林业局批复同意，依托新疆林科院而成立的。分院与新疆林科院实行一套人马，两块牌子，不办理独立法人资格，行政工作由地方管理，业务上接受中国林科院的指导。依托新疆林科院成立中国林科院分院，是国家林业局全面实施科教兴林战略，为促进中国林科院与我国西部各省区林业科研机构资源共享，实现优势互补，共同为加快西部地区生态改善提供更强有力科技支撑的重要举措，也是中国林科院在深化科技体制改革过程中，认真落实省院全面科技合作协议、促进科技与经济紧密结合的具体行动。