植物具有和动物类似的先天免疫系统（innate immunity）。植物先天免疫系统，可在未受特定病原微生物诱导的情况下，对病原侵染发生快速的防卫反应。

植物先天免疫系统由两个主要的免疫反应组成，即病原相关分子模式激发的免疫反应（PTI）和效应蛋白激发的免疫反应（ETI）。其中，PTI主要由病原微生物表面的病原相关分子模式（如多糖、鞭毛蛋白等）刺激诱导，可导致植物产生非特异性的防卫反应（基础防卫反应）。ETI则由植物的抗病蛋白（R蛋白）识别病原微生物产生的效应蛋白引发，可使植物产生特异性的防卫反应。除此而外，植物小RNA途径则通过RNA沉默方式，参与了对病毒和细菌等病原的抗性反应。

有关病原微生物与植物先天免疫系统的相互作用已成为植物分子生物学的前沿领域之一，研究进展非常迅速，有大量的研究论文发表于国际一流学术期刊上。同时也为作物抗病育种提出了很多值得进行实践的新策略与新技术。

2009年5月6日-7日，第349次香山科学会议在北京举行。会议主题研讨即以“植物先天免疫机制”为主题。