云南省水利水电科学研究院成立于1964年6月，2008年12月18日，云南省水利水电科学研究所“所”改“院”挂牌仪式隆重举行。

云南省水利水电科学研究院是云南省水利厅直属的主要从事水利水电科学技术基础研究及新技术、新材料推广应用工作的县处级公益性事业单位。