云南基督教神学院为三年制神学专科学校，除每年招收三年制神学专科班外，还不定期举办教牧人员培训班，神学院以培养信仰纯正，爱国爱教，有坚定的奉献心志，在“灵、德、智、体、群”方面，全面发展的，具有较高灵性修养和神学知识的青年教牧人员为宗旨。

云南基督教神学院教师队伍中少数民族教师占绝大多数，是中国基督教院校事工中最具民族特色的神学院，现有8位专职教师，7位兼职外聘教师，这些教师分别来自彝族、哈尼族、纳西族、苗族、傈僳族、怒族等民族，分别毕业于金陵协和神学院、四川神学院和云南神学院，许多教师是多年在教会牧会的牧师，有丰富的牧养经验，现任院长李从明（彝族）牧师。

课程设置：新旧约导论、教牧学、教会历史、基督教思想史、释经学、宣道法、教会行政管理、基督教伦理学、系统神学、圣乐、历史、语文、英语、政治等30多门课程，学院中有丰富的集体灵修和个人灵修及文娱活动，通过各种学习、灵修和活动，培养神学生成为信仰纯正、生命成熟、事奉热心、知识广博的复合型教会人才。

2007年1月，为支持昆明市政府的城市道路改扩建工作，神学院所有房屋被拆迁。重建选址位于昆明市五华区普吉办事处大普吉村，总占地面积为15亩。新校舍重建项目，建筑总面积为9271m²，建设项目预算投资为3,726.49万元。重建之后的新校舍预计2014年投入使用。