两条按碱基互补配原则完全互补的核苷酸，一条标记荧光剂，一条标记淬灭剂。且两条链是不等长。荧光剂和淬灭剂靠近，即两探针结合时，荧光被淬灭；荧光剂和淬灭剂远离，即两探针分离时，荧光得以恢复。