1900年3月17日印尼华人社会尊孔人士组织了“中华会馆”，主要致力于华文教育和弘扬儒家学说，可以说是印尼孔教的先驱。印尼真正的孔教会于1918年在中爪哇梭罗成立,是由梭罗通神学分会(Solo Theosophica Ioge)的5名成员倡办的。1923年，散布各地的孔教会联合了起来，在万隆成立孔教总会,以传播孔教为宗旨。1927年全印度尼西亚共有26个孔教会,教徒人数不详。中华会馆和孔教会都把孔子当成圣人，把孔子的学说看作宗教，把四书五经当成孔教的圣经。1955年，为了促进儒学的发展，经过重新组织的印尼孔教团体联合会在雅加达成立。该组织后来又改名为印尼孔教中央理事会。散布印尼各地的孔教团体都先后加入进来。自60年代中期开始，印尼政府实施反(敏感）共排华政策，对华人实行全面的强迫同化。在全面同化的困境中，华人的宗教包括大乘佛教、孔教、道教、传统民间信仰和祖先崇拜等就成为印尼华人维持民族特性、弘扬传统文化的主要形式。这样，儒家思想在学术理论层面上没有得到足够的重视和发展，而在宗教信仰和大众文化层面上，如在礼仪习俗、道德规范、饮食习惯、文化生活等方面，却得以继续保持和弘扬。印尼孔教会组织庞大，目前有120多个孔教分会散布在印尼各个岛屿，估计有四百万左右会员。现任孔教最高理事会主席陈清明。印尼孔教会组织深入华族下层阶级，影响极广，尤其在印尼政府改革开放以后，各地尊孔人士如雨后春笋般地纷纷组织孔教会。现在，孔教徒可以在自己的居民证宗教信仰一栏填上“孔教”，并以孔教仪式进行结婚礼然后在政府民事登记部注册，信仰孔教的学生也可以在学校的宗教课里学习四书五经。