隐藻为单细胞，前端较宽，钝圆或斜向平截；多数种类具有鞭毛，能运动。

隐藻的光合作用色素有叶绿素a、c，β-胡萝卜素等。还有藻胆素。色素体1－2个、大形叶状。隐藻的颜色变化较大。多为黄绿色，黄褐色，也有蓝绿色、绿色或红色的。

生殖多为细胞纵分裂，不具鞭毛的种类产生游动孢子，有些种类产生厚壁的休眠孢子。

此门仅1纲，隐藻纲，分５科。我国记载仅1科。

隐鞭藻科：单细胞，细胞不对称，有背腹之分，具2条鞭毛，多数种类具色素体，少数无。具纵沟和口沟，刺丝泡位口沟处或细胞周边。