在同安西柯镇瑶头村，原名“延福堂”，始建于明永乐年间（1403—1424）。清康熙年间，施琅曾屯兵瑶江。据《同安县志》及民间传说，康熙二十二年（1683）施琅挥师复台前，曾在延福堂许愿：如此行得捷，当重修庙宇。施琅平定台湾第二年，即捐资还愿，并扩建到三殿。因闽南话“台湾”与“大元”谐音，为纪念施琅功德，遂改名“大元殿”。施琅在扩建庙宇时曾奏请康 熙，得敕封大元殿为“同一武当”，并从武当山迎回玄帝香炉一封，从而结束当地居民往武当山进香的历史。

大元殿具有明清两代古建筑特征，为砖木石结构，面阔五间，三进，宽15.87米，深43.8米，是同安现存最大的宫庙，大殿至今基本保留施琅扩建后的原状。

瑶江大元殿香火旺盛，金门台湾都有分炉。