盐城市盐都区疾病预防控制中心位于市人民中路49号，于2004年正式成立,承担着盐都区疾病预防控制和突发公共卫生事件应急处置等工作任务。

现设职能科室三个、业务科室四个，检验检测中心、高血压防治中心各一个，两个门诊（预防医学门诊、盐南皮肤病专科门诊）；现有职工76人，占地1.2万平方米，建筑面积7000平方米，拥有进口离子色谱仪、气相色谱仪、原子吸收仪等先进的检测检查仪器设备200多台件。

近几年来，中心坚持为人民服务的宗旨，以人才培养与专业品牌为发展方略，大力推行目标管理，强化重点专业学科建设，增强专业工作科技内涵，深入开展文明单位创建活动，打造了一支能征善战、团结奋进的疾控队伍，并努力建成现代化、园林式、科研型的一流疾控中心。先后获得卫生部、教育部表彰“全国学生常见病综合防治工作先进集体”、卫生部表彰“全国结核病防治工作先进集体”、市委、市政府表彰 “抗击非典工作先进单位”等荣誉，连续多年被评为市级文明单位，疾控工作历年保持全市前列，2006年位列全市第一名。