亚硫酸盐定序（英语：Bisulfite sequencing）是一种利用亚硫酸盐处里，来测定DNA甲基化情形的方法。原理在于亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶（C）转变成为尿嘧啶（U），同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶则不受影响。如此一来，就可以使实验者得知DNA序列上甲基化的情形。