新疆医科大学学生联合会，是在校党委领导下，校团委指导下的学生组织。学联依照中华人民共和国法律和学校规章制度，独立自主的开展工作。

学生联合会是中华全国学生联合会、新疆维吾尔自治区学生联合会的团体成员，遵守《中华全国学生联合会章程》和《新疆维吾尔自治区学生联合会章程》。

学生联合会委员会（简称委员会）包括主席团成员及各院系学生会主席，为学代会闭会期间学生联合会的最高理事执行机构，对外代表新疆医科大学学生联合会。执委会实行主席团负责制，执委会主席团（简称主席团）是委员会的执行机构。主席团由学代会民主选举产生，不召开学代会的年份，依照学校的中期调整办法对主席团进行调整。各职能部门为执委会处理日常工作、开展活动的常设机构，各部由部长主持工作，对主席团负责。

院系学生分会是新疆医科大学学生联合会的院系组织，受所在院系党组织领导、院（系）团组织指导，接受学生联合会的管理。院系学生代表大会简称院系学代会，是院系学生会的最高权力机构，学代会选举产生院系学生会执委会领导机构，分别为院系学生会的最高执行机构，受校学生联合会执委会的领导，并向其报告工作。院系学生会的组织机构、职责权限、工作程序原则上与学生会对应。

执委会执行学代会决议，执行学生联合会章程，制定执委会工作计划，领导各部工作；筹备下届学代会的召开，向学代会报告工作；领导院系学生会工作，对院系学生分会工作进行过程考核和动态监督；修订《新疆医科大学学生联合会章程》；对主席团的各项工作予以监督；对学生联合会工作中的重大事务做出决策。