新疆农科院经济作物研究所成立于1979年2月，主要承担棉花、甜菜、油菜、油葵、红花、中草药等经济作物遗传育种、模式栽培、品种资源和新品种、新技术示范与推广。多年来，为提高自治区棉油糖生产水平，促进农业生产发展做出了贡献。

现设有棉花育种、棉花栽培、甜菜、油料、生物技术、开发等6个研究室，目前在岗职工75人，其中科技人员63人，高级专业技术职务者25人；中级23人，有自治区优秀专家8人，享受政府特贴专家7人，全国优秀科技先进工作者1人，自治区青年科技工作者1人。

建所以来，我所坚持科学技术面向经济建设、面向农业生产、面向农村的方针，长期在南北疆7个地州14个县的广大农村、科研基地上开展工作。辛勤的努力换来了丰硕的成果。先后取得科研成果100项，获奖成果82项，有23项技术成果获国家或省部级二等奖以上重大成果奖励。

先后选育出优质高产棉花（陆地棉、长绒棉）、甜菜、油料等经济作物新品种48个。新品种、新技术累计推广面积6249万亩，创造了显著的社会经济效益，累计新增产值达43.71亿元。发表论文450篇，出版专著26部。在“八五”全国农业科研机构综合能力评估中被评为百强研究所之一(位列18名)。