萧惠基，南兰陵兰陵人也。祖源之，宋前将军。父萧思话，征西将军、仪同三司。惠基幼以外戚见江夏王刘义恭，叹其详审，以女结婚。解褐著作佐郎，征北行参军，尚书水部，左民郎。出为湘东内史。除奉车都尉，抚军车骑主簿。

泰始初，兄益州刺史萧惠开拒命，明帝遣惠基奉使至蜀，宣旨慰劳。惠开降而益州土人反，引氐贼围州城。惠基于外宣示朝廷威赏，于是氐人邵虎、郝天赐等斩贼帅马兴怀以降。还为太子中舍人。惠基西使千余部曲并欲论功，惠基毁除勋簿，竞无所用。或问其此意，惠基曰：“我若论其此劳，则驱驰无已，岂吾素怀之本邪？”

出为武陵内史，中书黄门郎。惠基善隶书及弈棋，太祖与之情好相得，早相器遇。桂阳之役，惠基姊为休范妃，太祖谓之曰：“卿家桂阳遂复作贼。”太祖顿新亭垒，以惠基为军副，惠基弟惠朗亲为休范攻战，惠基在城内了不自疑。出为豫章太守。还为吏部郎，迁长兼侍中。袁粲、刘秉起兵之夕，太祖以秉是惠基妹夫，时直在侍中省，遣王敬则观其指趣，见惠基安静不与秉相知，由是益加恩信。讨沈攸之，加惠基辅国将军，徙顿新亭。事宁，解军号，领长水校尉。母忧去官。

太祖即位，为征虏将军，卫尉。惠基就职少时，累表陈解，见许。服阕，为征虏将军、东阳太守，加秩中二千石。凡历四郡，无所蓄聚。还为都官尚书，转掌吏部。永明三年，以久疾徙为侍中，领骁骑将军。尚书令王俭朝宗贵望，惠基同在礼阁，非公事不私觌焉。五年，迁太常，加给事中。

自宋大明以来，声伎所尚，多郑卫淫俗，雅乐正声鲜有好者。惠基解音律，尤好魏三祖曲及《相和歌》，每奏，辄赏悦不能已。当时能棋人琅邪王抗第一品，吴郡褚思庄、会稽夏赤松并第二品。赤松思速，善于大行；思庄思迟，巧于斗棋。宋文帝世，羊玄保为会稽太守，帝遣思庄入东与玄保戏，因制局图，还于帝前覆之。太祖使思庄与王抗交赌，自食时至日暮，一局始竟。上倦，遣还省，至五更方决。抗睡于局后，思庄达晓不寐。世或云：“思庄所以品第致高，缘其用思深久，人不能对也。”抗、思庄并至给事中。永明中，敕抗品棋，竟陵王子良使惠基掌其事。

初，思话先于曲阿起宅，有闲旷之致。惠基常谓所亲曰：“须婚嫁毕，当归老旧庐。”立身退素，朝廷称为善士。明年卒，年五十九。追赠金紫光禄大夫。