香港中文大学-华大基因跨组学创新研究院成立于2011年7月18日。研究院由香港中文大学与深圳华大基因研究院合作成立，结合双方科研实力，致力培养基因组学、蛋白质组学、代谢学、临床遗传学、临床基因组学等学科人才，推动基因科学的研究发展。

香港中文大学拥有大量基因学科人才，先后成立了“香港生物信息中心”“微生物基因组科学与蛋白质组学研究中心”，以及由医学院、理学院和工程学院人员组成的“系统生物学课题小组”。深圳华大基因研究院是全球最大的基因组学、蛋白质组学及生物信息学研发中心之一，先后完成多项具国际水平的科研项目，发表了多篇重要论文，奠定了中国基因组科学的国际领先地位。

港中大与华大多年来紧密合作，曾于2009年成立“基因联合研究中心”，在肿瘤、大豆及糖尿病三个研究项目开展深入合作，取得可观成果。其中的“大豆回家”项目，在大豆基因组研究达成重大突破，有关研究获遗传学权威学术期刊《自然遗传》刊登为封面故事。