民国17年8月，旅居菲律宾的爱国华侨吴记霍、吴福奇、薛煜添和林珠光等遵循孙中山“航空救国”的遗训，在海外组织航空委员会，并取得菲律宾中华总商会会长薛芬仕、侨商孙有泰等人的帮助，募集一笔资金，用以购置飞机，聘请飞行教官。

航空委员会成员绝大多数是闽南人，加上厦门各方面条件比较具备，因此航空委员会决定在厦门创办航空学校和飞机场，地点选在市郊五通乡店里村。同时，开始在国内外分别招考学员。国外华侨子弟报考地点，在菲律宾马尼拉市华侨办的益智学校，前往报考的菲律宾华侨青年57名，录取11名，这批学生于民国17年10月中旬由航空委员会聘请的飞行教官陈子文率领，乘坐英轮四山马号直抵厦门。厦门五通民用航空学校首任校长为陈国梁，首批招收学生100名，其中国内学生89名。

航空委员会向外国购置的飞机和设备有：德国制造的双翼教练机3架，美国制造的双翼教练机2架，法国制造的单翼教练机和单翼水上飞机各1架，以及收发电讯设备1套和其他设备。

航校的机场简陋，跑道长243.84米，因地形所限，飞机起落时须通过市区至五通的公路，遇飞机起落，公路两侧要放下竹制的活动横栏，保证行人、车马的安全。

民国18年春，航校国内学员与华侨学员因琐事发生磨擦，校长陈国梁处理不当，引起学潮，后由海外的航空委员会出面解决，遣散大部国内学员，仅留李吉星(同安籍)、谢志成(龙岩籍)、许佐才(惠安籍)3人继续学习，总共留下学员14人，校长改由薛拱年担任。撤换校长后，导致飞行教官李夙宣、陈子文相继辞职，航校陷于困境。

航空委员会为维持航校，用每月大洋800元的高薪聘请丹麦飞行员坎马担任飞行教官，航校得以续办。航校购置的飞行设备相继运抵厦门后，在下柄村海边搭建1座水上飞机机库。

民国19年春，因菲律宾经济不景气，航空委员会无力支付航校经费，决定停办航校。学员归并广东航校，飞机和器材亦由广东航校接收。