档案馆成立于1991年4月，正处级建制单位。馆内现有文书档案室、科技档案室、技术室、校史室4个内设机构，档案馆与校史研究室实行合署办公体制。现有在职人员10人，其中研究馆员1人，副研究馆员1人，馆员5人，助馆3人；全馆具有硕士研究生学历的占40%。

档案馆馆舍始建于20世纪30年代，别墅式楼房庭院，曾为多任校长故居。档案馆库房与办公用房建筑总面积1879平方米。档案馆藏至2007年有两个全宗，馆藏档案67831卷、资料3000册、照片档案450册、声像档案700卷、名家字画文博档案资料500幅。其中馆藏珍贵档案有清朝雍正年间（1723年）的地契文书档案；有反映陈嘉庚先生创办厦门大学和海内外校友、华侨捐资办学的文件资料；有萨本栋校长和师生在抗战危难中坚持办学共创南方之强的记载；有私立厦门大学改为国立和建国初期中国人民解放军厦门市军事管制委员会接管厦门大学的文件材料；有反映王亚南校长和陈景润为代表的科学精神的档案资料；有反映学校改革开放教育大发展的文件材料；有胡耀邦、邓小平、江泽民等中央领导人先后来校视察的照片、题词及有关文字记载；有历届学生的学籍档案、教职工从事教学、科研成果记录材料与文件等，馆藏丰富。

1985年以来，该馆先后获得福建省和厦门市档案工作先进单位、甲级档案馆（室）称号，档案馆于1996年3月和2004年1月先后两次被厦门市档案局、人事局评为“厦门市档案工作先进集体”，2002年考评荣获为国家二级档案管理单位。2003年被国家档案局评为档案工作优秀集体。现为福建省高校档案工作协会的理事长单位。