物质再生系统是将人类不能直接利用的初级产品中废物转变为动物产品和畜力的再循环体系。具有将不能被人直接利用的物质转变成认可间接利用且利用价值较高的产品，以及富集分散的营养物质和转化浓缩营养物质等功能。亦即在初级生产基础上，农业生态系统中的物质和能量沿着草牧食物链和残渣食物链两条途径流动，不断改变形态和性能，进行物质的再生产。属农业生态系统中农业自然再生产过程的第二层次，即次级生产。它在农业生态系统中是不可取代的重要组成部分。初级产品的直接利用系数一般极低，约只有1/4。发展养殖业，利用动物和微生物作为质量和能量的转换贮存器作用，可以促进物质循环，增强农业生态系统的功能。