吴祖禹（1921年－2006年12月17日），浙江鄞县人，中华民国外交官，知名法学家吴经熊之子。

吴祖禹毕业于上海东吴大学法学院，抗日战争时期曾任教于重庆中央测量学校，其后还曾任南京高等法院秘书长。1947年留学欧洲，先在罗马大学专攻法律哲学、罗马法，后又在西班牙德里大学、西班牙外交学院就读并获博士学位。1952年起进入外交部，历任中华民国驻西班牙大使馆三等秘书、驻联合国代表团秘书、外交部礼宾司交际科科长、驻墨尔本领事、礼宾司副司长、驻檀香山总领事、礼宾司司长、驻堪萨斯总领事等职。1976年出任中华民国驻玻利维亚大使，在任期间中华民国于1985年与玻利维亚断交。1986年任外交部北美事务协调委员会驻纽约办事处主任，后又任中华民国驻意大利代表处代表。1993年出任中华民国驻教廷大使并兼任驻意大利台北经济文化办事处代表。晚年在美国洛杉矶定居，2006年逝世。