乌鲁木齐机场海关前身为乌鲁木齐海关驻机场办事处，成立于1995年，是乌鲁木齐海关的派驻空港口岸的派出机构。经海关总署批准于2004年12月15日挂牌成立乌鲁木齐机场海关下设办公室、旅检科一科、旅检二科、综合业务科4个科室，现有人员23名，由汉、维、哈、回、塔塔尔、柯尔克孜等6个民族组成，党员16名。

乌鲁木齐机场海关目前监管30条国际航线，负责对进出境国际航班（包括航空器）、进出境人员行李物品、机场海关监管区域（包括监管仓库和机场免税店）、机场进出境贸易性和非贸易性货物及特种货物的监管征放等工作。

机场海关地址：新疆乌鲁木齐市迎宾路46号