次生代谢是指生物合成生命非必需物质并储存次生代谢产物的过程。比如喜树碱、青蒿素等等大量人类需求的物质都是次生代谢产物。对植物来说：次生代谢是次生物质在植物体内合成和分解的化学过程。由于次生物质种类繁多,故其代谢反应也千差万别,且一定的次生代谢反应仅在特定的物种、器官或组织中于一定的环境和时间条件下才进行。对微生物来说：微生物在一定的生长期里合成的一些对微生物本身无明显作用的物质代谢。