皖南医学院校医院前称皖南医学院保健科，一九九二年经芜湖市卫生局批准成立为皖南医学院医院，本着“全心全意为师生服务”的宗旨，在校领导的关心与大力支持下，通过几代人的不懈努力，现已成为一所科室齐全并有一定医疗服务水平的一级甲等综合性医院。

医院现有病床20张，职工22人，其中中级职称以上医护人员10人，设有预防保健科、内科、妇科、外科、口腔科、医学检验科、放射科、中医理疗科、健康教育科、公费医疗管理科、B超心电图室等10余个特色科室，医院设施齐全，拥有日本进口SSD-500型B型超声诊断仪、邦健ECG-101心电图机、沪产200mA-X光机、M-ⅢB多参数心电监护仪、AM100B呼吸麻醉机、3008头部操纵式综合手术床、XF-9030C型自动血球仪、BS-3100半自动生化仪、全自动尿液分析仪、JZZ-ⅢCO2-HeNe激光综合治疗机、全自动颈椎牵引椅、腰椎牵引床、红外理疗仪、ECM99-IIA电磁波谱理疗仪等先进医疗仪器设备。

医院位于皖南医学院南校区校内，是一所集基础医疗、预防保健、健康教育、卫生监督为一体的综合性高校医院。