同源模建是一个根据模板蛋白将一级序列转成3D结构的技术总称，包括了threading和homology两种，当让后来发展的fugue啊，geneatlas等等都是以次为基础。在这两种中，又以后者重要（因为简单而且准确性高），在很多软件中都提供了相应的功能，做的最好的商业软件是INSIGHTii和modeller（这个非常傻瓜，但是结果的可控制性不高）, 免费的有spdbvierwer和一些在线服务器.。

同源模建技术给我们带来了更多选择和探索新领域的机会，但是有一点请大家注意，如果你的蛋白同源性不高，波动性过大，关键位点差异显著的话，要谨慎的选择同源模建，因为这样构造出来的蛋白很可能误导你后面的工作，因为往往同源模建在我们这里都是一个课题的第一步，决定了后面这个课题是否成功的关键。