同济大学校长办公室是学校的综合办事机构。是学校对外的窗口，也是校长联系各单位的桥梁，肩负着承上启下的枢纽作用。作为学校的综合办事机构，校办的主要职责包括负责起草全校性的工作计划、总结、报告、请示、规划、决议等文件；负责组织全校性会议，并检查会议决议的执行情况；负责组织协调各单位间的综合性工作；负责专题性的调查研究工作，并提出建议供校长决策；负责对校内外的联系，统一处理群众来信、来访工作，并检查督促落实；负责全校公文收发，负责督查、督办工作；统一管理全校综合统计及网络建设；负责保管及按章使用学校公章，负责全校各部门印章的刻制及发放，并对印章的使用实行监督；发布全校性的通知、布告；协助校长向社会筹集办学资金；负责校友的联络工作；负责校长交办的其他工作。

校长办公室现任主任张亚雷、副主任吴健民、倪颖、李建昌。内设行政科、秘书科、信访办及教育管理信息中心。

为适应新形势的要求，全体工作人员正以创新的精神，改进和加强各科室工作，不断提高工作质量和水平，发扬脚踏实地、埋头苦干的工作作风，重实际、说实话、办实事、求实效，树立廉洁勤政的良好形象，更好的为校领导、为部门和基层、为师生员工服务。