藤县疾病预防控制中心是2005年1月25日由藤县卫生防疫站调整新建的县卫生局属下的公益性事业单位，由县财政全额拨款，具有独立法人资格，能独立承担法律责任和民事责任。全中心占地面积4000㎡，建筑面积3548㎡，业务用房3548㎡，其中，检验用房995.6㎡。主要仪器设备有电子分析天平、溶出分析仪、全自动酶标仪、500mAX光机等，总固定资产约162.9万元。

中心现有职工72人，其中，本科8人，大专25人、中专27人，高中及以下12人；各级各类专业技术人员61人，中级以上职称23人，初级职称31人。现内设有办公室、质量管理科、免疫规划科、疾病控制科、结防科、卫生科和检验科等7个科室,主要承担辖区内各项疾病预防控制、公共突发事件和救灾防病等的组织实施和督查指导工作，协助和配合上级业务部门开展应用性科研和其它相关工作。