台湾新生代沟弧系（Cenozoicarc trenchsystemof Taiwan）是位于东北部琉球沟弧系和南部吕宋沟弧系之间的新生代沟弧系统。在台湾东北，菲律宾海板块沿琉球海沟向北俯冲于欧亚大陆板块之下，形成伴有冲绳海槽(弧后盆地)的琉球沟弧系；台湾北部的大屯、基隆火山群和东缘近海的火山岛是琉球弧的西延部分。在台湾岛以南，南海洋壳正沿马尼拉海沟向东俯冲于菲律宾海板块之下，形成吕宋沟弧系；海岸山脉中的奇美火成杂岩和近海的绿岛及兰屿是吕宋火山弧的北延部分。台湾岛主体所代表的欧亚大陆前沿的碰撞自上新世以来一直在进行着。