孙清淮，1915年12月19日生于江苏省萧县（今安徽省萧县）大屯区何赛乡刘庄。1937年12月，参加萧县抗日训练班学习。1938年7月，孙清淮任湖西人民抗日义勇队二总队第十七大队部经理员。10月，加入中国共产党，先后任中共萧县中心县委巡视员，县农民救国会武装部总干事及救国会党团书记，萧县六区区委书记、区长，萧县县委委员，县大队长等职。1941年5月，孙清淮率萧县县大队随新四军四师转移至津浦路以东，历任淮宝县林集区委书记兼淮宝县委敌工部部长、区长、四宿县县长。

1943年8月，在中共中央华中局党校学习1年，毕业后任洪泽县县长。不久，随新四军四师回津浦路以西，恢复豫皖苏边根据地，复任萧县六区区委书记、区长、县委委员。1945年1月任萧县总队三营营长兼教导员。9月，任萧县县政府党团书记兼民政科科长。

1946年春，为执行停战协定，孙清淮按照县委指示，监督尚口据占 。8月，在国民党挑起全面内战后，孙清淮率萧县五、八两个区的民工，参加了晋冀鲁豫野战军发起的破击陇海路战役，破坏杜桥以西铁路10多华里。同年10月，孙清淮接分区命令和商亳工委书记胥照五率领武装100余人开辟商丘、亳县、鹿邑、柘城4县边区，建立商亳鹿柘工委和办事处，孙清淮任工委书记，胥照五任办事处主任。11月中旬，在分区主力的支援下，枣子集歼灭国民党亳县保安团苗志荣和河南保安团汲前荪部600余人，工委和办事处改建为中共商亳鹿柘县委和县人民政府，孙清淮任副县长，并和县委书记毛更苏、县长赵一鸣创建了枣子集、牛市集、高辛、张集四个区政权。12月，商亳鹿柘地区被敌抢占。

1947年1月，孙清淮任商亳鹿柘县县长兼县大队长，率部返回商亳柘县与县委书记赵一鸣、继任县委书记田兰田一起指挥全县军民恢复地区。他们根据敌人分布的特点，麻痹、迟滞商丘方面的国民党正规军和交警总队，主动出击亳县、鹿邑、柘城方面的国民党保安团、联防队、地方反动民团和红枪会，消灭了商亳鹿柘地区的大部分地方武装，并成功粉碎了敌人重兵的多次“清剿”。商亳鹿柘军民在坚持武装斗争的同时，土地改革运动也在逐步深入开展。7月，孙清淮派人去国民党商丘绥靖公署陆军总队二旅做争取和分化瓦解工作，取得显著成效。孙清淮代表县委、县政府到亳县三台楼慰问该旅二团二营营长李新民的起义部队。该部被编为商亳鹿柘县游击第二大队，随县大队升编为分区独立六团，孙清淮兼分区独立六团政委，并重建商亳鹿柘县大队。刘邓大军南下，途径商亳鹿柘县，孙清淮晋见了刘邓首长，并汇报了该县的武装斗争和土地改革情况。刘邓首长肯定了商亳鹿柘县的成绩。邓小平特别指示“工作要做踏实，要注意团结中农”，刘伯承司令员激励全县军民继续坚持斗争，迎接更为严峻的考验，夺取更大的胜利。商亳鹿柘县军民在刘邓首长的鼓舞下，积极开展各项工作，取得了较好的成绩。

1948年7月，孙清淮任商亳鹿柘县委书记、县长兼县大队长、政委。11月，淮海战役打响后，商亳鹿柘县委、县政府组织支前指挥部，孙清淮和县委副书记郑道宗动员全县武装配合主力作战，调配大批干部率领4600余副担架、数万民工支前，并向前线运送面粉30万斤，超额完成了支前任务。在国民党军杜聿明集团自徐州西窜时，组织5000辆太平车，500副担架协助中原野战军医院（国际和平医院）安全转移。杜聿明集团之孙元良兵团在永萧地区突围时，孙清淮按照上级命令，在柳行集动员全县军民进行拦击堵截。县大队在芦庙与突围出的四十七军残部激战，其副军长李嘉英等以下300余人投降。张集区三台楼民兵巡逻至王天一时，截获正在逃窜的伪装成国民党下级军官的四十一军军长胡临聪及其随从三人，被及时赶到的孙清淮揭破伪装，把他们押到分区司令部。

1949年1月中旬，商亳鹿柘县党政军民隆重庆祝淮海战役的伟大胜利时，孙清淮为解放商亳鹿柘人民牺牲的革命烈士撰写了碑文。

1949年3月，孙清淮到河南省淮阳县专署工作，参加剿匪反霸斗争。1950年初，代理河南治淮委员会主任，后历任河南治淮指挥部办公室主任、中共河南治淮委员会副书记、治淮总部副总指挥、河南省计划委员会副主任等职。1968年至1973年遭批斗后，相继任河南省农林科学院的核心小组副组长、院长及党的核心小组组长、河南省农办副主任兼农林科学院院长、省农委副主任、河南省第五届政协常委等职。撰写了《萧县农民抗日救亡运动》、《坚持泗宿县潘山区抗日斗争》、《商亳鹿柘县的解放斗争》、《刘邓大军南征路过商亳鹿柘的回忆》《商亳鹿柘县革命斗争大事记》等20篇、约15万字的地方党史资料。1990年10月11日，在郑州逝世，享年75岁。