为规范水下考古调查、发掘、出水文物保护、资料管理等工作，确保水下考古工作人员和文物安全，国家文物局委托有关单位初步研究起草了《水下考古工作规程》。国家文物局2011年10月28日就《水下考古工作规程》向各有关省、自治区、直辖市文物局（文化厅）征求意见。规程明确了原址保护是进行水下遗址保护的首选方式。当水下遗址面临被破坏的危险而无法实行原址保护时，可选择水下考古发掘的方式进行保护。

规程将遗物分为人工遗物和自然遗存。要求人工遗物应全部采集，人类遗骸、陆生哺乳动物骨骼一般应全部采集。海洋动物遗骸和植物遗存可抽样采集。根据研究和保护的需要，遗迹、遗痕也可以采集。采集的遗物应在文物保护专业人员的指导下进行分类保存。

水下考古调查和发掘项目应制订针对性的出水文物现场保护预案，应配备必要的现场保护设备和出水文物保护专业人员。出水文物应根据材质进行分类保存和保护。