2008年12月1日，《关于水利部水文局（水利信息中心）主要职责、内设机构和人员编制方案的批复》规定：

一、主要职责

（一）负责全国水文行业管理。组织拟定水文行业管理的政策、法规，组织编制全国水文事业发展规划并监督实施。

（二）指导水利信息化、水利通信业务建设，组织编制全国水利信息化、水利通信发展规划，组织部直属单位信息化及通信建设项目审查，组织实施全局性信息化及通信项目。承担水利部信息化领导小组办公室的日常工作。

（三）组织编制国家水文站网规划并监督实施，负责国家基本水文站网的建议与管理。负责国家水文大中型建设项目的立项审核。

（四）指导、组织实施水文水资源监测工作。组织实施全国地表水、地下水的水量、水质监测；协调国家重大突发水污染、水生态事件水文应急监测工作；组织实施水文监测计量器具检定工作。

（五）组织指导全国水文水资源的情报预测、监测数据整编和资料管理工作；组织实施水文调查评价、水文监测数据统一汇交、水文数据使用审定等制度。

（六）承担水文资源信息发布有关工作，参与组织水资源调查评价；参与组织编制国家水资源公报，承担中国河流泥沙公报、水质和地下水月报等编制工作。

（七）负责国家防汛抗旱的水文及相关信息收集、处理、监视、预警以及全国重点防洪地区江河、湖泊和重要水库的暴雨、洪水分析预报。

（八）负责水利信息网络、通信网络、数据中心和部信息系统的建设和运行管理工作。

（九）拟定水文及水利信息化、水利通信的技术标准并监督实施。负责对外提供水文资料和外国组织、个人来华从事水文业务等事项的审查，参与国际水文业务的合作与交流。

（十）承办水利部交办的其他事项。

二、内设机构

（一）内设处室

1、综合处（人事处、党委办公室、离退休办公室、监察室）

2、计划处

3、财务处（审计室）

4、水文站网处（水文水资源调查评价资质管理办公室）

5、水文监测处

6、水情处

7、水资源监测与评价处

8、水质监测与评价处

9、气象处

10、通信管理处

11、信息化处

12、科技教育处（《水文》杂志编辑部）

（二）所属事业单位

1、水利部地下水监测中心

2、网络中心（水利部网站）

3、通信运行维护中心

4、水利数据中心

三、人员编制

核定局事业编制160名。其中，局级领导职数6名，处级领导职数51名。

人员编制：核定事业编制160人。其中：局级干部职数共6名，处级干部职数共51名。