水环境区划分为两个层次：水环境功能区划和水污染控制单元划分。

水（环境）功能区：水体使用功能所占有的范围。

水（环境）功能区划：将水体按照其功能加以划分，并依据功能的重要程度和污染危害程度确定相应的水环境质量目标。

水污染控制单元：一个水环境功能区与其相关污染源所占的区域总和，对这些区域进行划分，即为水污染控制单元划分。

划分目的：复杂的问题分解为单元问题来处理，将区域污染控制、环境目标管理责任制、环境综合整治定量考核指标分解落实到各水污染控制单元、各具体污染源。

水环境区划是实现水环境综合开发、合理利用、积极保护和科学管理的基础，水环境（综合整治）规划的必要前期工作。