水稻国家工程实验室（长沙）项目由湖南杂交水稻研究中心牵头，湖南农业大学、袁隆平农业高科技股份有限公司、湖南省水稻所、湖南省植保所共建。

从2009年5月开始组织申报，于2011年5月27日获得国家正式批复，历时2年。

2011年5月，国家发展改革委批准了水稻国家工程实验室（长沙）项目资金申请报告。该项目在现有基础上，建设超高产、优质、广适水稻新品种（组合）培育，安全高效种子生产技术及质量监控，水稻重大病虫草害可持续防控和水稻高产高效生产等4个研发平台，以及科研配套设施和示范基地。项目建设地点为湖南省长沙市。实验室核心实验大楼拟建在湖南杂交水稻研究中心院内，配套试验基地拟建在长沙县和浏阳市，投资规模近6000万元。

水稻国家工程实验室建设的目的和任务是围绕长江流域水稻主导品种不多、杂交水稻制种安全系数不高、水稻渍害病虫害严重等突出问题，建立杂交水稻培育和关键技术研发平台，开展功用基因的发掘应用、种质资源创新、轻简栽培等技术的研发，为提升我国水稻自主创新能力，确保我国杂交水稻技术的国际领先地位，完成国家粮食增产计划提供有力支撑。