2003年以来，北京市水务系统在科学发展观和治水新思路的指导下，认真落实北京市委市政府关于“向观念要水、向科技要水、向机制要水”的指示精神，坚持由工程水利向资源水务转变，由农村水利向统筹城乡水务转变，水土保持工作按照“以水源保护为中心，构筑‘生态修复、生态治理、生态保护’三道防线，建设生态清洁小流域”的思路，在原有小流域综合治理措施的基础上，突出小流域内污水、垃圾、厕所和环境的治理，明确了保护水源的三道防线措施布局，提出了生态清洁小流域建设的21项措施。

生态清洁小流域的定义是“ 流域内水土资源得到有效保护、合理配置和高效利用，沟道基本保持自然生态状态，行洪安全，人类活动对自然的扰动在生态系统承载能力之内，生态系统良性循环、人与自然和谐，人口、资源、环境协调发展的小流域。”