生态菌斑假说（ecological plaque hypothesis）是目前龋病病因学的主流学说。该假说认为龋病是一种内源性感染性疾病，所有已发现的致龋菌都是口腔正常情况下存在的常驻菌群，龋病的发生是由于菌斑与宿主（如糖的摄入、唾液的分泌量以及牙齿的排列情况）之间的关系发生变化，常驻菌群中的某种或某些细菌获得了竞争优势或新的生物学特性，牙菌斑中微生物之间、牙菌斑与牙面及口腔环境之间的生态平衡被打破而造成的。生态菌斑假说是在对菌斑微生物较为全面认识的基础上，以普遍联系和动态发展的视角诠释龋病病因的理论成果。生态菌斑假说也为龋病的防治开辟了一条新的思路。