上海肿瘤防治院前身为上海市杨浦区肿瘤防治院，后并入上海市肿瘤研究所，归上海市肿瘤医院代管，更名为上海市肿瘤防治院，在全市范围内负责肿瘤疾病的筛查和预防、防治知识教育、市内各大医院接诊及治疗数据统计。现上海肿瘤防治院下辖多个分院，包括上海市黄浦肿瘤防治院、上海市杨浦区肿瘤防治院、上海市徐汇区肿瘤防治院等。