指挥系成立于1956年，是我国最早的培养专业指挥人才的教育基地之一，杨嘉仁先生任首任系主任。1965年指挥系与作曲系合并；2007年恢复指挥系独立建制，现任系主任为汤沐海先生。

半个世纪以来，马革顺、杨嘉仁、张民权、杨秀娟、黄晓同、张眉等老一辈指挥家、教育家，培养了一批在国内外专业文艺团体、艺术院校从事指挥及教学研究工作的高级专门人才，为我国的音乐教育和文化事业的发展做出了巨大贡献。恢复独立建制的指挥系现拥有一批极富活力的老中青专家教授及艺术辅导教师，他们正在为进一步完善我国专业指挥的教育模式，建设具有中国特色的指挥学科体系而努力。2007年恢复指挥系的独立建制之后，除了传统的西方管弦乐队指挥、合唱指挥专业之外，将原民乐系的民族管弦乐队指挥专业划归到指挥系，另外还增设了歌剧音乐指导专业等。