商品损失核算是指商品在运输、保管、销售过程中由于商品性能、自然条件、自然灾害等自然原因以及技术设备、操作、包装、保管、养护、火灾、车船事故等人为原因所造成的残损、霉变、短缺的核算。如由于商品运输保管不慎造成的外形或零件残损、短缺；由于受冷、受热、受潮、日晒而造成的发霉、腐烂、生锈、变色、变昧、生虫等等。对商品损失应采取积极措施分别不同情况报上级审批处理。
在商业会计中，商品损耗在未查明原因之前，先在“待处理损失”帐户核算。经查明，属于自然损耗的，一般作为商品流通费处理；属于自然灾害、火灾、车船事故、残损变质、短缺以及分不清责任或因被盗而造成的损失，可作为财产损失处理；属于责任事故应由有关单位或个人赔偿的损失，应按赔偿部分暂在“应收货款”和“其他应收款”帐户列帐。其会计分录：
(1)发生商品损失，原因待查时：
借(增)：待处理损失
贷(减)：库存商品等科目
(2)经查明，属于自然损耗时：
借(增)：商品流通费
贷(减)：待处理损失
(3)经查明，属于责任事故应由有关单位或个人赔偿时：
借(增)：应收货款或：
借(增)：其他应收款
贷(减)：待处理损失
(4)经查明批准作为财产损失时：
借(增)：财产损失
贷(减)：待处理损失