从基因文库中任取一个克隆作为染色体走读的起点，将之两端序列分别亚克隆，亚克隆片段在0.5 - 2.0 kb范围内。

分别以上述亚克隆DNA片段为探针，杂交同一基因文库，阳性克隆中的插入DNA片段必定与起点克隆所含的DNA片段连锁在一起。

然后再以阳性克隆片段的两端序列为探针，进行第二步走读，直至线型染色体DNA的端点。