全军普通外科研究所原为全军腹部外科中心，隶属南京军区南京总医院，组建于1979年，1992年调整为全军普通外科医学专科中心，1995年晋升为全军普通外科研究所，2000年评为全军医学第一批十个“重中之重”重点发展学科之一，2001年被评为江苏省重点学科（实验室），2002年被评为国家重点学科。是国家卫生部临床药理基地（营养支持专业），全军肠损伤重点实验室。

学科带头人为著名普通外科专家，医学教育家黎介寿院士。副所长为李宁、任建安教授。学科是南京大学博士、硕士研究生授权学科，第二军医大学、南方医科大学博士、硕士研究生联合招生点，2001年国家人事部批准建立博士后研究工作流动站。

研究所现有军人57人，主任医师、教授18人，副主任医师、副教授15人；博士后联系导师3人，博士研究生导师6人，硕士研究生导师12人。45岁以下的副主任医师都具有博士学位。有省部级“突出贡献的中青年专家”4人。

研究所以临床需要为研究方向，在肠外瘘的治疗、危重病人的营养支持、同种异体人小肠移植、胃肠肿瘤的总体化疗、门静脉高压症、胆道、甲状腺、乳腺等疾病的治疗进行了系列化的研究，展开床位250张，年门诊量63000余人次、门诊手术2100余台，病区收容7800余人次、手术4100余人次。

研究所年发表学术论文约150篇，其中20篇左右为SCI。近年主编13卷巨著《手术学全集》、《肠外瘘》、《临床肠外及肠内营养支持》、《围手术期处理》等专著10部，参与黄家驷外科学等31部著作的撰写工作。获国家科技进步一等奖1项、二等奖2项，军队省部级医、教、研成果一等奖13项、二等奖15项。先后有10 余人次荣获“何梁何利奖励基金”医学与药学奖、国家科学大会奖、中国人民解放军专业技术重大贡献奖、总后勤部与南京军区有突出贡献的医学专家、培养人才先进个人等称号。